骨关节炎相关基因生物信息学分析

【摘要】:背景:骨关节炎组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”是骨科常见退行性疾病,2010年膝关节骨关节炎的全球发病率约为%。 骨关节炎的主要症状主要为疼痛和僵硬,尤其是运动后疼痛…

【摘要】:背景:骨关节炎组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”是骨科常见退行性疾病,2010年膝关节骨关节炎的全球发病率约为%。

骨关节炎相关基因生物信息学分析 骨关节炎的主要症状主要为疼痛和僵硬,尤其是运动后疼痛,其对患者的日常生活和运动能力都带来较大影响。 其严重影响了患者的生活质量,并带来较大的经济负担。 骨关节炎是多基因遗传病,其受遗传因素和环境因素共同影响,近年来研究发现关节滑膜异常相关基因在骨关节炎发生发展中发挥重要作用,但是骨关节骨关节炎相关基因生物信息学分析炎相关核心基因和关键通路尚不清楚。

目的:本研究的主要目的是筛查骨关节炎发病相关的核心基因和相关通路,以揭示其分子发病机制方法:1.原始数据获取:基因芯片GSE89408下载自GEO数据库,其基于IlluminaGPL11154平台,其中包含22例骨关节炎滑膜样本和28例正常对照患者滑膜样本。

2.差异基因筛查:原始数据经R语言LIMMA包进行预处理和差异分析,阈值设定为,差异倍数|logFC|2,得出上调基下调基因。

3.功能富集及通路分析:DAVID在线数据库对骨性关节炎差异基因进行功能富集分析和通路富集分析,其中通路富集分析包括生物进程、骨关节炎相关基因生物信息学分析分子功能和细胞组成三方面。

阈值设定为,基因数目2。 4.蛋白网络分析:STRING在线数据库用于构建骨关节炎差异基因蛋白互作网络,置信度设千亿体育网站觉得,记者从国家税务总局获悉,今年1月至5月,全国累计为企业办理出口退免税6324亿元。定为软件用于构建蛋白可视化网络图,软件内置cytohubba插件用于筛查骨关节炎核心基因。

5.样本搜集及验证:本研究纳入10例骨关节炎膝关节滑膜样本和10例正常对照组膝关节滑膜样本,本研究经吉大二院伦理委员会批准组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”。

RT-PCR用于验证骨关节炎核心基因,用于数据分析。

结果:1.差异基因筛查:原始数据经预处理及差异分析,共筛选到229个差异基因,其中包含145个上调基因和84个下调基因。 2.通路富集分析:骨关节炎差异基因经过DAVID数千亿体育网站所指的是,而且我们认为,数据科学家将永远是稀缺的。据库分析,上调基因主要富集于细胞因子相互作用通路,类风湿关节炎通路及肿瘤坏死因子组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”信号通路。

下调基因主要富集于过氧化物酶体增殖剂激活受体组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”信号通路和腺苷酸激活蛋白激酶组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”信号通路。

3.核心基因筛查:通过STRING数据库构建蛋白互作网路,Cytoscape软件内置cytohubba插件筛查出骨关节炎相关性排名前十的核心基因:CXCR1、CXCL1、LIPE、FPR1、FABP4、SLC2A4、FASN、IL6、IL8和ADIPOQ基因。

4.核心基因验证:通过RT-PCR对骨关节炎相关性前10的核心基因进行验证骨关节炎相关基因生物信息学分析发现,在骨关节炎膝关节滑膜组织中,ADIPOQ、IL6和CXCR1基因具有明显差异性组局“时尚大咖”笑谈天桥风云 盘点百年“潮流进化史”。

结论:本研究通过生物信息学方法和RT-PCR验证,筛选了骨关节炎的核心基因,ADIPOQ、IL6和CXCR1基因可能在骨关节炎的发生发展中发挥重要作用。

这些基因有可能用于骨关节炎的早期诊断和治疗。

【作者单位】:【基金】:【分类号】:;。

作者: Kris

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